Situé entre Loire et Sologne au coeur de la région Centre, sur la rive gauche de la Loire à 7,5 km de Gien, 15 km de Sully et 60 km d'Orléans , le village de Saint-Gondon se trouve également sur la route des châteaux de la Loire et sur le parcours de la Loire à vélo.

Il est traversé par la rivière Quiaulne qui l'agrémente avant de se jeter dans la Loire 3 km en aval. 

Contrairement aux villages environnants, de nombreuses rues sillonnent le village. Cette particularité est due à son passé qui fit de lui une "station" assez importante dès les 1ers siècles de notre ère.

Ses rues concentriques épousent le tracé de l'ancien fossé constituant la 1ère défense du village autour du donjon situé sur La Motte (butte de terre).

Défense qui fut renforcée au début du XVe siècle par une seconde enceinte fortifiée dotée de 16 tourelles et 3 portes avec Pont-Levis permettant d'accéder au village.

Il abrite 5 sites classés Monuments historiques: le Menhir, la Motte féodale, le Prieuré (origine XVe siècle restauré au XVIe), la Maison dite de François 1er et la grosse Cloche de l'église datant de 1729.

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