Consacrée initialement à la Vierge Marie, elle était appelée Mater Miserocordarium, c'est-à-dire, Notre-Dame de Pitié. Ce n'est qu'au Xe siècle qu'elle prit le nom d'église de Saint-Gondon. L'ancienne église s'élevait dans le bourg, car la chapelle du prieuré ne fut transformée en église qu'après le départ des moines. Le choeur de l'église actuelle provient de cette chapelle. Cette église priorale puis paroissiale est située dans la partie nord du bourg jouxtant l’enceinte de l'enclos du  Prieuré. Son clocher élancé domine la campagne environnante. L’ancien caquetoire, abrite le porche désaffecté et s’adosse ainsi que la tour de l’horloge quadrangulaire, à l’extérieur du long pan de ce mur sud Au chevet, l’ordonnance de l’abside et des deux absidioles hémicirculaires évoquent l’époque ottonienne. Accolées les unes aux autres dans cette partie, elles rappellent l’architecture venue de Lombardie. Les dates les plus souvent évoquées sont les XIe, XIIIe, XVIe et XIXe siècles. La puissante et savante ordonnance du choeur, le soin apporté au décor et à l’appareil des supports ne permettent pas d’en placer sa construction avant le dernier quart du XIe siècle. Elle constitue un témoin de cette architecture du premier art roman de la Vallée de la Loire, précédant la magnifique éclosion de Saint-Benoît.

Un retable renaissance en pierre orne l'abside voûtée en cul-de-four ayant comme motif quatre colonnes à chapiteaux corinthiens que surmonte un haut relief de nuages d’où émerge la croix posée en 1705. L’origine de l’édification de ce retable serait attribuée au Sieur Godard,  sculpteur à Orléans, et daterait de 1697-1699. Il aurait été modifié en 1755 ou 1757, puis à nouveau en 1832.

La grande arcade ogivale du chœur a été refaite en 1866-1867  en  plein cintre,  en même temps que la restauration des voûtes et  des  piliers.

Le clocher datant de 1865 abrite deux cloches, l'une de 1729 pesant 800 kg  (classé Monument Historique le 19 mars 1943) et l'autre de 1872 (refonte de la 2ème cloche datant de 1730) pesant 578 kg.